Karlínská synagoga pro místní zámožnou židovskou komunitu, neboť Karlín byl do konce roku 1921 samostatným městem s převážně industriálním a komerčním zaměřením, a mnoho bohatých továrníků a obchodníků zde byli právě Židé. Svatostánek zřejmě prošel několika stavebními úpravami. Poslední z nich proběhla v letech 1928–1930, kdy byl interiér přestavěn ve funkcionalistickém stylu. Bohoslužby se zde konaly do začátku druhé světové války. Zdejším rabínem až do roku 1939 dr. Isidor Hirsch, který byl v důsledku nacistické okupace nuceně penzionován a zemřel o rok později. Po válce byla modlitebna navrácena pražské židovské obci, ale v roce 1950 ji obec odprodala Československé církvi husitské, která budovu stavebně adaptovala pro své bohoslužebné účely a využívá ji dodnes. Zadní trakt, kde býval rabinát, zimní modlitebna a sídlo rabína kouřimského kraje, dnes slouží jako farní úřad CČSH.